健保署自105年起開放政府機關公務需求、學研及專業機構研究需求申請，主要提供去識別化之結構化申報資料，以進場實地操作為原則；在保障個人健康隱私，促進健保資訊共享及社會創新服務的核心價值下，自108年6月起開放去識別化之電腦斷層掃描(CT)與核磁造影(MRI)等醫療影像供外界申請進場應用。利用後僅得攜出研究結果，非攜出原始資料，並對於研究結果於攜出前進行審查。自105年至109年12月底止，運用健保資料發表於學術期刊之論文共計6,524篇。
有關健保資料再運用及個資隱私保護，涉及健保資料治理與開放，必須考慮資料開放目的及公益性及資料自主權機制，至於個人資料保護配套，資料須經去識別化，討論死亡者就醫資料再利用之適法性，才能保護隱私。李伯璋署長指出，為讓「健保資料治理與開放」及「健保資料再利用之個人資料保護配套」，在「保障個人健康隱私，促進健保資訊共享及社會創新服務」之核心價值下，促進健康醫療發展及學術研究量能，健保署期透過「健保資料再運用及個資隱私保護」專家討論會共同研議最妥適之作法，俾增進全民福祉。