臺大醫療體系基於新竹分院、生醫園區分院、竹東分院三院地緣相近，醫療資源可共享，且較有利於爭取到醫學中心以滿足民眾就醫需求之理由。自106年起即著手進行新竹地區三家分院整併作業，於110年1月1日三家分院正式整併為一個機關「新竹臺大分院」，下轄二個醫療機構「新竹臺大分院新竹醫院」及「新竹臺大分院生醫醫院(含竹北院區、竹東院區)」。兩個醫療機構各自有其負責人，協助院務之管理及推動。各院區在現有基礎及臺大醫院總院的全力支援下，竭盡所能提供讓民眾足以信任的在地醫療服務。
整併後的「新竹臺大分院」在任務分工方面，「新竹醫院」以提供重度級急重症醫療服務為主；「生醫醫院竹北院區」以轉譯醫學研究、創新醫材及藥品研發為主，並提供急重症、癌症、優質健檢及國際級特色醫療服務為主；「生醫醫院竹東院區」以亞急性、慢性長期，老年及精神照護等社區醫療及偏鄉醫療為主之醫療服務。透過「業務整合」、「資源共享」、「角色分工」，三院區各具特色，發揮最大綜效，大大提升了醫療服務的廣度及深度。
